Nel laboratorio di micropaleontologia e microscopia ottica si svolge prevalentemente attività didattica ospitando studenti, laureandi di I e II livello (per le lauree di area geologica e naturalistica) e dottorandi. Si svolgono anche tirocini, attività interdisciplinari ed esercitazioni. Nel laboratorio si effettua anche attività di ricerca (collaboratori di ricerca e assegnisti) volta prevalentemente a tematiche di carattere biostratigrafico, paleoecologico e paleoclimatico. Il laboratorio è fornito di 10 microscopi a luce riflessa e trasmessa, di cui uno dotato di macchina fotografica, per lo studio dei microfossili di sedimenti incoerenti e coerenti. Nel laboratorio è possibile consultare il catalogo dei foraminiferi di Ellis & Messina e quello dei nannofossili di Farinacci. E’ inoltre presente un’importante collezione specifica di foraminiferi con relative schede descrittive.